02677nas a2200169 4500008004100000245012700041210006900168260006900237300001000306490002200316520202400338653002602362653002302388653002302411100002702434856004602461 2023 eng d00aA standardized pipeline for isolation and assembly of genomes from symbiotic bacteria in whole louse genomic sequence data0 astandardized pipeline for isolation and assembly of genomes from aRichmond, VirginiabVirginia Commonwealth UniversitycMarch 2013 a51 pp0 vMaster of Science3 a

Many insects are known to harbour intracellular and heritable bacteria (endosymbionts), which provide their hosts with adaptive traits. Whole insect gDNA shotgun sequencing projects often sequence the genome of endosymbiont, in addition to the insect’s genome. There are approximately 600 whole genome shotgun libraries from insects available on the public repository (NCBI), which can be mined to obtain endosymbiont genomes. The assembly and annotation of endosymbiont genomes can contribute towards the exploration of their role as obligate symbiotic partners. However, de novo assembly of an endosymbiont genome, continues to be challenging, when the host and/or enteric bacterial gDNA is present in the library as well. So far, whole genome sequence data has been mined by investigators, who manually interrogate the data at multiple steps, a process that is time consuming and difficult to replicate. Here I developed and evaluated a novel strategy that reduces intervention required by the researcher. The strategy consists of two steps: 1) filtering of de novo assembled endosymbiont contigs using Blastn search against a custom reference database and 2) reconstruction of the genome through de novo assembly of reads associated with filtered contigs. Illumina HiSeq libraries were simulated in silico and the pipeline was deployed using the simulated data to test the efficacy of the method. The mean endosymbiont genome recovery from simulated data was 91.27% with a range of 100%-76%. When the method was tested with “real” whole louse shotgun sequencing libraries obtained from a public repository, the results were mixed. The strategy was accurate in contig selection when the louse contained an endosymbiont which had a small genome enriched for AT bases, with a mean percent genome recovery of 98.38% and the range of 100% - 95.88%. However, in other cases involving symbionts with larger genomes, the resulting genomes appeared to be incomplete and require further evaluation.

10aColumbicola eowilsoni10aColumbicola koopae10aColumbicola masoni1 aBala, Mohammad, Mikail uhttps://scholarscompass.vcu.edu/etd/7213/02405nas a2200133 4500008004100000245017400041210007200215260004700287300001100334490001900345520182100364100002502185856006102210 2011 eng d00aHygiène et considérations hygiéniques des Inughuits du nord-ouest du Groenland Étude archéoentomologique des sites d'Iita, Cap Grinnell et Qaqaitsut au Groenland0 aHygiène et considérations hygiéniques des Inughuits du nordouest aQUÉBECbUNIVERSITÉ LAVAL QUÉBECc2011 a117 pp0 vMaster of Arts3 a

Thesis in French

Au cours du XIXe siècle et au début du XXe siècle, de nombreux explorateurs se sont rendus dans le nord-ouest du Groenland. Les Inughuits vivant dans cette région de l'Arctique se sont retrouvés au coeur même, durant cette période, d'une série de rencontres et de relations : dans un premier temps, les explorateurs ont établi un premier contact et, par la suite, les anthropologues et les ethnologues se sont intéressés à eux. Au cours de ces têtes à têtes, une grande quantité d'écrits ont été produits. Toutefois, ces documents peignent un portrait fort contradictoire de ce peuple : d'une part, les récits des explorateurs sont souvent très peu flatteurs, surtout sur le plan des pratiques hygiéniques des habitants de cette région, tandis que les ouvrages des anthropologues apportent une vision plus nuancée de l'hygiène des Inughuits. Cette contradiction que l'on relève dans la littérature, en ce qui touche à la perception des pratiques hygiéniques des Inughuits, n'a jamais été étudiée. Afin d'éclaircir la situation et apporter une réponse à cette contradiction, il est proposé d'adopter une approche multidisciplinaire visant l'étude des ectoparasites d'humains sur les sites d'Iita, Cap Grinnell et Qaqaitsut. En combinant les résultats archéoentomologiques à l'analyse de la tradition orale des Inughuits, il est possible d'apporter un éclairage nouveau sur les conditions de vie des humains du passé de ces sites.

1 aDussault, Frédéric uhttps://corpus.ulaval.ca/jspui/handle/20.500.11794/22861